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本期目次：

什么是R包？

R包安设

从CRAN安设

从bioconductor安设

从github安设

腹地安设

其他安设口头

终极大法

R包常见报错

为了便捷全球学习，我依然录制了配套的视频，放在了哔哩哔哩（我的B站账号：阿越便是我），免费不雅看，复制以下网址粘贴到浏览器大开即可：https://space.bilibili.com/42460432/channel/collectiondetail?sid=3740949

别问我怎么修改R包的默许安设位置，这不是初学者该学的东西，把你的元气心灵用在刀刃上。然则我在书籍终末会先容如何修改。

R说话学到背面其实便是学习各式R包和函数的使用。

什么是R包？

R包是别东谈主整理好的器具包，内置各式函数以及匡助文档等信息，可以用来末端特定的功能。

R包非常于手机里的APP，不同的APP有不同的功能，不同的R包也有不同的功能，比如：有些R包是挑升用来画热图的（pheatmap、complexheatmap等），有些R包是挑升用来作念生活分析（survival、survminer等）的，等。

R说话在安设时会有许多自带的R包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats、methods），这些R包不需要格外安设，王人是出场自带的，安设好R说话就能用了。访佛于刚买的生人机有许多内置APP，这些内置APP是不必我方格外安设的。

R包安设

R包就非常于手机里的各式APP，自带的APP很赫然是无法知足日常使用的，是以咱们需要我方安设其他APP。同理，R自带的R包亦然无法知足咱们条件的，是以咱们也要我方安设其他R包。

安设R包就访佛于给手机安设APP，安设神志有多种。比如：

小米手机可以从小米诈骗商店安设APP，也可以从酷安安设APP，还可以从Google   play安设，还可以从官网下载apk文献到腹地安设，等；苹果手机可以从App Store安设，还可以通过巨魔商店安设，也可以腹地安设。

R包安设也有多种口头，不同的R包是存放在不同的诈骗商店的。比拟常见的R包安设主若是4种：

从CRAN安设，从bioconductor安设，从github安设，下载安设包腹地安设。

跟着学习的深化你还会碰见其他安设口头，我列举的这几种是最常见的。

R说话是老外发明的东西，咱们要看望老外的东西，由于家喻户晓的原因，是很贫苦的。不仅仅R，其他的东西比如Python、Linux等，王人是这么。

是以在安设R包时，咱们一定要先修改镜像（mirror）（或者你可以使用魔法，就像你使用Google play需要魔法同样，如果你在海外的话当然是不需要这一步的）。镜像可以毛糙知晓为中国东谈主为了便捷我方下载安设，把海外的东西好意思满复制了一份放到国内，况且会跟着海外的更新而更新。使用镜像的平正的不需要魔法咱们也可以运动快速地下载安设R包。

一个R包只需要安设一次即可重叠使用，R包也可以更新、卸载、重装，这个敬爱敬爱敬爱敬爱和手机APP险些是一模同样。

以下是4种R包安设口头的翔实先容，这部分我在哔哩哔哩也有相应的视频先容，点击即可不雅看：R说话零基础初学

从CRAN安设

CRAN是最主要的存储R包的仓库，大大王人R包王人是存储在这里的。

要从CRAN安设，咱们当先要修改镜像（如果你东谈主在海外是不需要这一步的）。这个经由在安设好Rstudio之后相称毛糙，规律点击：Tools-Global Options：

图片刘家军曝光群

然后按照下图所示规律点击，在列出的镜像中任选一个中国的镜像即可（比如我聘任了上海交通大学的镜像），选好之后点击OK即可。这么就修改好镜像了，底下就可以畅快的安设R包了。这种修改镜像只需要1次修改即可，以后从CRAN安设R包王人会默许使用你聘任的这个镜像，不必每次王人改。

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比如咱们当今思要安设ggplot2这个R包，使用以下代码即可：

install.packages("ggplot2")

安设R包时一定要安妥，R包的名字弗成拼错，大小写也弗成错，况且必须加引号，双引号或者单引号王人可以，然则必须是英文现象下的！加载R包不需要引号。

从bioconductor安设

医学生/大夫学习R说话有非常一部分东谈主是思作念生信分析的，绝大大王人作念生信分析的R包王人不在CRAN中，而是存储在bioconductor中，这个网站是挑升存储生物信息学分析所用R包的。

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这个仓库亦然老外成立珍贵的，是以要安设这里的R包，当然亦然先要更始镜像的。

从bioconductor的官方镜像列表中可知，当前中国镜像有以下4个，离别是清华大学的镜像、南京大学的镜像、中国科学时期大学的镜像、西湖大学的镜像，如下所示：

图片

每次在安设bioconductor的R包之前，王人要先启动以下代码更换镜像，任选一个启动即可，当前我推选你使用西湖大学的镜像，原因请看bioconductor有新的镜像聘任啦：

# 使用清华大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")# 使用南京大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/")# 使用中国科学时期大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")# 使用西湖大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

bioconductor的镜像不像CRAN那样只需要改一次，每次在安设bioconductor的包之前，王人需要启动一下修改镜像的代码。然则跟着学习的深化，你以后也可以通过修改.Rporfile文献末端1次修改，始终使用！残暴初学者就别搞这些花里胡梢的操作了，如故每次王人启动一下吧。

启动外以上代码更始好镜像之后，咱们还需要先安设一个bioconductor的R包解决器，智力安设bioconductor中的R包，使用以下代码安设bioconductor的R包解决器，也便是BiocManager包：

# R4.3.x对应的bioconductor版块是3.18，R4.4.x对应的版块便是3.19了，安妥不要搞错，# 不然会报错哦if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version = "3.18")

安设好这个包解决器之后，泰国按摩群就可以安设bioconductor的R包了。以后再安设bioconductor的R包时，也不需要再再行安设这个包解决器了。

R说话每年会进行1次版块大更新，时刻梗概是每年的4月份，bioconductor每年会进行两次更新，时刻梗概是每年的4月份和10月份。bioconductor的版块和R的版块是有对应关系的，比如R4.2.x对应的bioconductor版块是3.17，R4.3.x对应的bioconductor版块是3.18，R4.4.x对应的是3.19。对于初学者来说，不残暴跨版块使用。

平凡来说R说话不需要往往的更新，一般不会影响使用，然则如果你一定要更新的话，残暴每年的5月份进行更新，刚好是R和bioconductor同期更新的时刻，此时的版块刚好匹配，初学者安设R包出错的概率要小一些。

比如咱们要安设一个作念互异分析的R包：limma，就可以使用以下代码：

# 每次王人要先改镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")# 改完镜像再安设BiocManager::install("limma")

这么limma包就安设好了。以后你要安设bioconductor中的R包，就先改镜像，然后使用BiocManager::install("xxx")即可。

从github安设

有一些R包既不在CRAN，也不在bioconductor，而是在github中。要安设github中的R包，残暴借助devtools或者remotes包末端。

remotes可以以为是devtools的精简版，其实区别不大，是以我个东谈主比拟推选使用devtools。

当先从CRAN安设devtools包：

# 没改镜像的谨记先改镜像install.packages("devtools")

安设好之后再使用install_github()安设github中的R包，比如，我当今思要安设easyTCGA这个包，使用以下代码即可：

library(devtools)install_github("ayueme/easyTCGA")

其中easyTCGA是R包的名字，前边的ayueme是仓库悉数者的名字。千万不要写错，写错势必报错！

一般你找到这个R包王人会有先容如何安设，径直复制粘贴即可，github左上角也会盛名字的，照抄就行，比如：

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然则国内看望github是有贫苦的，如果你的收罗不行，那么这个神志省略率你会失败。有的时候即使你能大开github的网页，也不见得你用以上口头就能安设见效。那么这时你可以尝试底下先容的腹地安设。

腹地安设

腹地安设R包就和腹地安设手机APP莫得任何区别，把安设包下载下来，然后安设就好了。

如故以上头的easyTCGA为例，如果你要腹地安设，当先你得下载这个R包到你的电脑上，是以你得找到这个R包的下载地址才行！

在github上头的R包的下载地址王人是有规章的，平凡王人是：https://github.com/xxxx/R包名字

比如：easyTCGA包的下载地址是：https://github.com/ayueme/easyTCGA

大开网址后，按照规律规律点击：Code-Download ZIP，即可把R包下载到腹地了（对你的收罗有条件，因为这个网站亦然老外的！）。

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下载github的R包

我下载的R包存放在我的E盘-R-R包，这个文献夹内部，是以存放旅途是：E:/R/R包/easyTCGA-main.zip

此时安设包依然下载好了，咱们可以借助devtools内部的install_local()函数安设腹地R包：

library(devtools)# 安妥你的R包存放旅途不要写错！写错必报错！install_local("E:/R/R包/easyTCGA-main.zip")

腹地安设需要安妥R包依赖的问题。R包依赖的敬爱敬爱是有些R包是成立在其他R包的基础上的，是以你在安设时需要安妥先后规律，必须先安设某个包然后智力安设另一个包，不然就会出现安设失败。比如easyTCGA便是成立在许多R包之上，是以如果你没提前安设easyTCGA的依赖包，那么在进行腹地安设时也会报错。

这是腹地安设最大的缺欠，install.packages()和BiocManager::install()在安设R包时会自动帮你先安设依赖包，是以不会有问题。

easyTCGA有以下依赖包，需要你先安设好底下的依赖包，智力安设easyTCGA：

# 安设bioconductor上头的依赖R包# 当先要改镜像，底下是清华的镜像，随契机有问题，可更始其他镜像试试options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")if(!require("TCGAbiolinks")) BiocManager::install("TCGAbiolinks")if(!require("SummarizedExperiment")) BiocManager::install("SummarizedExperiment")if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR")if(!require("limma")) BiocManager::install("limma")# 安设cran上头的依赖R包if(!require("survival")) install.packages("survival")if(!require("broom")) install.packages("broom")if(!require("devtools")) install.packages("devtools")if(!require("reshape2")) install.packages("reshape2")if(!require("data.table")) install.packages("data.table")if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")

以上安设R包的代码我加了一个if判断语句，敬爱敬爱是：如果我依然安设了这个R包，就不要重叠安设了，如果没安设，就帮我安设。

其他安设口头

除了以上先容的安设口头外，还有一些R包的安设口头比拟格外，这里给全球毛糙先容下，就以mlr3proba为例。这个R包由于一些原因不在CRAN中，如果你要安设Github版块，可以按照以下代码安设：

remotes::install_github("mlr-org/mlr3proba")

然则如果你要使用install.packages()函数安设，需要按照如下神志进行：

install.packages("mlr3proba", repos = "https://mlr-org.r-universe.dev")

终极大法

径直百度、谷歌、必应。

比如一个叫linkET的包，你不知谈怎么安设，径直搜索啊：

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R包常见报错

1. 载入了名字空间'rlang’ 1.0.1，但需要的是>= 1.0.2`rlang`包的版块太低了，你需要先安设1.0.2以上版块的`rlang`，谨记径直关闭Rstudio，再行大开再安设2. 不存在叫'latticeExtra’这个名字的程辑包当先望望我方的拼写错了吗？标点符号有作假吗？没问题就安设这个`latticeExtra`包即可3. 技艺包安设入'C:/Users/xxx/AppData/Local/R/win-library/4.2’(因为'lib’莫得被指定)Warning in install.packages : package 'limma’ is not available for this version of RA version of this package for your version of R might be available elsewhere`limma`包在bioconductor上，不在CRAN上，要通过`BiocManager`安设。4. 安设技艺包'mapproj’时退出狀態的值不是0省略率依赖包没装好。5. library(lsmeans) Error: 找不到'lsmeans’所需要的程辑包'emmeans’缺什么就安设什么。找不到`lsmeans`就安设`lsmeans`。6. 用devtools从github安设包，非论是径直安设如故腹地安设，王人报timeout作假github在海外，看望海外的网站你得科学上网，你收罗行吗？你能看望谷歌不代表你能从github下载东西。7. 安设r包时出现：update all/some/none?问你要不要：更新悉数R包/部分R包/不更新？输入n就行了，示意不更新。8. library(tidyverse)出现一大推字── Attaching core tidyverse packages ────── tidyverse 2.0.0 ──✔ dplyr     1.1.2     ✔ readr     2.1.4✔ forcats   1.0.0     ✔ stringr   1.5.0✔ ggplot2   3.4.2     ✔ tibble    3.2.1✔ lubridate 1.9.2     ✔ tidyr     1.3.0✔ purrr     1.0.1     ── Conflicts ──────────────────────── tidyverse_conflicts() ──✖ dplyr::filter() masks stats::filter()✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()ℹ Use the conflicted package to force all conflicts to become errors平方的，不必管，只好莫得`Error`就没事。

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