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提到卵白质数据库，大家齐很端庄了，基本上每个数据库齐会配备一个网页用具让大家查询能够作念一些浅薄的卵白质数据分析，以下是一些有名的卵白质组数据库：

TrEMBL: 由欧洲生物信息学磋议所（EMBL-EBI）调理的卵白质数据库，提供基于UniProt法子的自动详实信息。UniProt: 一个全面的、高质料的卵白质数据库，包含来自UniProtKB/Swiss-Prot的手动详实卵白质和来自TrEMBL的诡计机详实卵白质。Human Protein Atlas: 一个名堂，旨在分析系数东说念主类卵白质在各式组织中的抒发和定位。STRING: 一个数据库和汇聚资源，提供已知和展望的卵白质-卵白质互相作用。

然而卵白质组数据库并不是卵白质数据库，主如果ProteomeXchange定约，它是一个开放的、全球的数据存储平台，特意用于存储和分享质谱（MS）数据。它由多个卵白质组学数据存储库构成，包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。

比如咱们不错看到一个卵白质组学著作：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300483X20302912?via=ihub

Availability of data and materialThe proteomics data have been deposited to the ProteomeXchange Consortium via the PRIDE (Perez-Riverol et al., 2019) partner repository with the dataset identifier PXD020248.

ProteomeXchange的蓄意是促进数据的尺度化、分享和再期骗，守旧卵白质组学磋议的进一步发展。它罢职FAIR原则（可查找性、可探望性、互操作性和可重用性），以确保数据的质料和可用性。一般来说咱们端庄iProX（海外卵白质组学同样平台）和PRIDE（卵白质组学坚强数据库）即可：

iProX: iProX（海外卵白质组学同样平台）是一个由中国卵白质组学磋议者栽种的数据库，旨在存储和分享基于质谱的卵白质组学数据。iProX为科研东说念主员提供了一个平台，用于提交、处分和探望卵白质组学数据，守旧数据的尺度化和分享。iProX数据库也罢职ProteomeXchange的数据尺度，促进了全球卵白质组学数据的整合和分析。PRIDE: PRIDE（卵白质组学坚强数据库）是EMBL-EBI（欧洲生物信息学磋议所）调理的一个数据库，它是ProteomeXchange定约的一部分。PRIDE特意汇聚和存储质谱数据，特地是卵白质和肽段的坚强和定量信息。PRIDE数据库守旧用户上传数据、下载公开数据集，并提供了一系列的分析用具，匡助科研东说念主员进行卵白质组学磋议。PRIDE（卵白质组学坚强数据库）

是EMBL-EBI（欧洲生物信息学磋议所）调理的一个数据库，不错通过持续：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive?sortDirection=DESC&page=2&pageSize=20

查看数据库当今有的数据集数目：List of Datasets (27273)

比如最近的一个全球数据集等于：Neutrophil-derived migrasomes are an essential part of the coagulation system, mouse.

不错很明晰的看到这个pride数据库为这个数据集提供了raw体式的质谱仪器数据，泰国按摩群以及卵白质组抒发量矩阵文献：

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小鼠-两分组-卵白质组-各异分析数据集

详备的数据集持续在：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD051229

不外咱们一般来说就盛开内部的ms220042-dia-20220111.xls文献进行后续的卵白质组抒发量各异分析即可

iProX（海外卵白质组学同样平台）

在 https://www.iprox.cn/page/BWV016.html 不错看到就 3,676 entries，因为是一个由中国卵白质组学磋议者栽种的数据库，是以绝大部分数据集齐是中国科研使命者提供的，况且绝大部分齐是在PRIDE（卵白质组学坚强数据库）也有一个id，如下所示；

图片

3,676 entries，

任性点击一个数据集进去：https://www.iprox.cn/page/ProjectFileList.html?projectId=IPX0006535000

Proteome of Chinese Breast Cancers (FUSCC-Shao Lab)IPX0006535000PartialPXD042886Jiang YZ, Shao ZM. Molecular features and clinical implications of the heterogeneity in Chinese patients with HER2-low breast cancer. Nature Communications. 2023 Aug 22;14(1):5112-. doi:10.1038/s41467-023-40715-x.Zhiming ShaoZhiming ShaoFudan University Shanghai Cancer Center12023-06-11 08:40:12

也不错看到它的其它id，只需要有id就不错探望它在不同数据库内部的数据纪录，比如：

https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD042886https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD042886如果数据集并莫得提供卵白质抒发量矩阵文献

因为原本等于有好多不同的卵白质组学期间平台，比如 DIA、Label Free和TMT标志，它们的各自的 数据预处理经由 也有点分手哦：

DIA（Data-Independent Acquisition）数据预处理经由：

Spectronaut搜库政策：

使用Spectronaut软件进行搜库，获取肽段和卵白的相对定量信息。数据log2调遣、缺失值过滤和填充、数据尺度化，可能使用Combat去除批次效应。

DIA-NN搜库政策：

使用DIA-NN进行搜库，得到相对定量值。进行log2调遣、数据尺度化、缺失值处理，临了坚强各异卵白。Label Free数据预处理经由：

Maxquant搜库政策：

搜库成果提供Intensity、iBAQ、LFQ intensity三种定量值。数据log2调遣、样本内中值或quantile尺度化、缺失值过滤和填充。进行各异定量分析。

Proteome Discoverer（PD）搜库政策：邢台别墅群视频曝光事件

默许定量值为iBAQ。尺度化模式为FOT（Fraction of Total）。缺失值填充，选用合乎阈值进行填充。卑鄙数据分析。TMT（Tandem Mass Tag）数据预处理经由：MSFragger搜库政策：使用MSFragger进行搜库，得到pepXML体式搜库成果文献。期骗Philosopher用具包进行肽段、卵白和翻译后修饰的定量和过滤。PeptideProphet进行肽段坚强和考据，PTMProphet进行修饰位点坚强。ProteinProphet用于卵白坚强。使用Philosopher进行FDR过滤和定量，取得TMT reporter ion intensity。参考通说念样品矫正，进行多重数据调遣和尺度化。log2调遣、样本内中值尺度化、缺失值处理、批次效应去除、各异抒发分析。 本站仅提供存储劳动，系数本色均由用户发布，如发现存害或侵权本色，请点击举报。